Des dels orígens de Sant Joan les Fonts, el territori esdevenia una zona de pas que unia, en una mateixa ruta, la costa amb les terres de l’interior. En època medieval el camí entre comtats, com el de Besalú, el de Cerdanya o el de Berga, es dibuixava pel territori santjoanenc fent servir la única via de comunicació del moment, el pont sobre el Fluvià. 

La primera referència és del segle XIII, no obstant això, l’actual pont és fruït de la reconstrucció feta després dels terratrèmols que al segle XV afectaren tota la comarca. Gran part del pont està construït amb pedra volcànica, material molt utilitzat a la comarca, i consta d’un arc gros central i amb forma apuntada i dos reeixits laterals.