Comença el segon de Batxillerat a l'Institut Àngel Guimerà. Els alumnes reben el Merlí amb eufòria i ell entra pletòric al centre. Els Peripatètics han madurat una mica en general, però, en el fons, continuen sent els mateixos adolescents divertits i despistats que tothom ja coneix. A la colla s'hi afegeix una nova alumna, fet que genera noves relacions dins del grup.

A la sala de professors, en canvi, el Merlí no és tan ben rebut. Per molt que l'Eugeni l'espera amb ganes de discutir, a tots dos els apareix un adversari comú: la Coralina, la nova cap d'estudis. Aquesta catedràtica de seixanta anys, esquerpa i autoritària, vol imposar el seu criteri i remou tot el claustre de professors.

El Merlí hi topa de ple i el Toni ha de fer tot el que pugui perquè hi hagi pau. La Coralina no és l'única incorporació al claustre: el Millán, professor de castellà, i l'Elisenda, d'anglès, formen part del nou equip docent. A l'institut, el Merlí encara fa les classes de manera menys ortodoxa que a la primera temporada: s'endú els alumnes a fer la classe fora de l'aula. Qualsevol indret, com ara un centre comercial, pot servir al Merlí per explicar els filòsofs cínics, els estoics, Descartes, Hobbes o els presocràtics. Entre la nòmina de pensadors que d'aquest curs s'hi troben algunes filòsofes, com Hipàrquia de Maronea.