La Pobla de Segur goza de una gran variedad de ecosistemas y una biodiversidad excepcional donde destacan el Macizo de Collegats y el embalse de Sant Antoni. Se puede observar el vuelo del quebrantahuesos, el alimoche, el buitre común así como de aves acuáticas, o pasear por el interior de bosques de pino autóctono, encinares de montaña y bojedales muy bien conservados. Dispone de una gran diversidad de ambientes: ríos de corrientes rápidas, tramos de aguas tranquilas y profundos barrancos y gargantas.

En el municipio destacan el Parque Municipal Alcalde Boixareu y El Vernedot, muestra de la vegetación de ribera.