El Pavelló Municipal d'Esports Girona-Fontajau està estructurat en dos nivells, un per al públic (el nivell alt) i un altre d'ús restringit als esportistes (el nivell baix) amb entrades diferenciades. La seva capacitat és de 5.500 espectadors en activitats esportives i, en altres activitats (amb ocupació de la pista), es pot arribar fins els 5. 774 espectadors.

Les dimensions de la pista principal són de 40 x 20 metres i les de la pista auxiliar de 33 x 19. També disposa d’una sala d’activitats dirigides i una de musculació. Els espais complementaris estan formats per quatre vestidors col·lectius, dos vestidors per tècnics i àrbitres, sala de premsa, sala de reunions, infermeria i oficines.