En aquesta nova temporada, els peripatètics estaran a punt d'acabar el segon curs de Batxillerat i en Merlí es quedarà descol·locat amb l'arribada d'una nova professora, la Silvana, que es guanyarà la simpatia dels alumnes i qüestionarà el lideratge d'en Merlí. Sense el seu fill Bruno, que continua a Roma, i amb la Carmina de gira teatral, en Merlí tornarà a viure sol, un fet que no portarà gaire bé. La filosofia seguirà sent un dels trets distintius de la sèrie, i pensadors com Hannah Arendt, Albert Camus i Karl Marx protagonitzaran alguns dels capítols de la tercera temporada.